A Unidade de Pesquisa de Vacinas Anti-HIV foi estruturada no ano de 2001 no Centro de Referência e Treinamento DST/Aids (CRT-DST/Aids), em resposta ao convite que a instituição recebeu, em 2000, para participar da Rede de Pesquisa de Vacinas Anti-HIV (HIV Vaccine Trials Network - HVTN).

Desde 2007, em função do processo de recompetição das redes de pesquisa financiadas pelos Institutos Nacionais de Saúde (National Institutes of Health - NIH), a Unidade de Pesquisa de Vacinas Anti-HIV tornou-se uma parceria do CRT DST/Aids com a Disciplina de Infectologia da Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP).

O CRT DST/Aids coordena o Programa Estadual DST/AIDS de São Paulo e é um serviço de referência para atendimento a portadores de Doenças Sexualmente Transmissíveis (DST) e HIV/aids desde 1988, além de se constituir em uma unidade de referência de âmbito nacional e internacional para treinamento de profissionais da saúde que atendem pacientes portadores dessas patologias.